První zmínky o stolním tenisu v Třeboni se datují k roku 1933. Tehdy se hrálo na soukromých stolech v gymnáziu, u Dvořáků a v Zelenkově mlýně. V letech 1934 až 1940 zde působila družstva Junák a Orel, za které hráli Dvořák, Zelenka, Korb, bratři Kunftové, Kostečka a Peml. Doplňovali je navíc hráči Cvrček, Brak a Peterka.
Skutečnými průkopníky tohoto sportu byli Petrák, Mikyška a Táborský, kteří začali hrát organizované soutěže od roku 1940. Pozdějšími oporami se stali hráči Malý, Holický, Moudrý, Karez, Riedl, z žen to byly Chmelařová, Řeřichová a Janátová. Od roku 1940 se Malý, Moudrý, Chmelařová a Řeřichová umisťovali v Župním přeboru pravidelně od prvého do třetího místa v družstvech, v jednotlivcích i ve čtyřhrách.
V letech 1952 až 1956 procházel stolní tenis v Třeboni určitou stagnací. Až v roce 1957 se utvořila dvě družstva. První bylo Lázně Třeboň, které vedl doktor Kubička. Druhé mělo název Otavan Třeboň, to řídil Skála. Po výhře Lázní Třeboň v okresním přeboru se v roce 1957 obě tato družstva spojila a začal působit pod novým názvem (Jiskra Třeboň) jeden tým v krajském přeboru a druhý v okresním přeboru. Tehdy hráli v oddíle Šedina, Bartl, Počta, Malý, Krška, Richter, Karez, Skála, Maxa, Stupka, Heřman a Nejedlý. Z žen hrály Chmelařová, Řeřichová, Juklová, Březinová a Bajerová.
V roce 1964 postoupil první tým do krajského přeboru 1. tř. Za stoly se začaly objevovat nové tváře, a to Marek, Hadrava st., Dvořák, Roubal, Kolář, Dvořáček st., z žen Martínková, Smolková a Kubičková. Téhož roku na podiu divadla sehráli exhibici mistři Evropy Miko a Staněk. Několik setů si s nimi zahráli i domácí borci. V té době doktor Kubička pracoval jako předseda svazu stolního tenisu Jindřichohradecka.
V roce 1971 však byla oddílu stolního tenisu na pět měsíců odejmuta místnost „Beseda“, protože v ní bylo zřízeno agitační středisko. Tehdy v oddíle působili ze starších hráčů Adámek, Gráf, Doležal, Marek a Mašek. Pak přišla nová jména: Werner, Schams, Ruso, Průcha a další. Za žáky nastupovali Bartl, Petr, Dvořák, Štícha, Hrubec, Švehla. Ti se také pravidelně zúčastňovali turnajů, okresních a někteří i krajských přeborů jednotlivců. V roce 1980 začalo hrát družstvo žen krajský přebor ve složení Chmelařová, Šromová, Kubičková, Smolková, Čechová a Baštýřová. Po šesti letech tento tým zanikl.
V roce 1985 obdržel oddíl stolního tenisu uznání od města Třeboně za sportovní propagaci tohoto sportu. Jaroslav Bartl obdržel v roce 1996 čestné uznání od České asociace stolního tenisu. V roce 2005 dostal od stejné asociace pamětní list.
Největší úspěchy přišly v letech 1990 až 1995. To třeboňští žáci v sestavě Dvořáček, Lhotský, Matuška, Pašek, Sudický a Krůšek vyhrávali jeden krajský turnaj za druhým. Několikrát se stali krajskými přeborníky v družstvech i v jednotlivcích. Na přeboru republiky se umístili v družstvech na velmi solidním 5. místě. Toto úspěšné období zpestřil Oldřich Jareš. Ten se stal mezi dospělými krajským přeborníkem v singlu i v mix-deblu. Družstvo třeboňských mužů hrálo v té době střídavě divizi a krajský přebor.
V první dvou červnových dnech v roce 1990 se sehrála v třeboňské sportovní hale „čtyřiadvacetihodinovka“. Byla první tabletenisovou, která se v republice odehrála. A psalo se o ní i v novinách.Ve velkém článku Československého sportu od redaktora Stanislava Sigmunda mladšího se mj pasalo: „Na jedné straně hráli J. Bartl ml. S M. Brezovským a na druhé M. Karoch ml. s M. Maxou. Střídaly se singly a debly, mezi sety byla minutová pauza. Byl přítomen zdravotník a masér, střídalo se šest rozhodčích. Za své vzalo sedm míčků.“ Vstup byl dobrovolný, vybraly se 204 koruny, které byly poukázány na konto Jedličkova ústavu do Prahy.
V téměř osmdesátileté historii hrála družstva v Třeboni na osmi místech. V současné době hraje domácí zápasy v Kulturním centru Roháč (zrcadlový sál).